Microbiologie Environnementale Bioprocédés (MEB)

Responsables : Laurie Casalot et Benjamin Misson

L’équipe MEB explore la diversité microbienne taxonomique et fonctionnelle dans les océans, avec une expertise historique dans l’isolement et la caractérisation indispensable de modèles cultivés.

Cette exploration descriptive est complétée par une vision compréhensive du rôle des microorganismes et de leurs interactions dans le fonctionnement des écosystèmes marins. Ces bases fondamentales permettent de mieux appréhender l’impact des activités anthropiques et ouvrent la voie au développement des bioprocédés.

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Ainsi, les recherches de l’équipe sont organisées autour de 4 thèmes fédérateurs

Exploration du monde marin microbien

Acteurs majeurs du fonctionnement des océans, les microorganismes marins restent encore largement méconnus. L’identification de nouvelles espèces de bactéries, archées, virus ou eucaryotes unicellulaires, la description des assemblages microbiens et de leur dynamique dans des conditions environnementales données constituent une base importante de l’écologie microbienne marine.

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Ecologie microbienne fonctionnelle du gène à l’écosystème

L’exploration de la biodiversité des écosystèmes marins permet de caractériser le monde microbien présent mais n’apporte pas d'indications sur les fonctionnements de ces écosystèmes.

En parallèle à la description du monde microbien, les activités de recherche de l’équipe MEB viseront à comprendre le rôle de ce compartiment microbien dans les transferts de matière et d’énergie dans l’environnement marin.

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Microorganismes marins à l’ère de l’anthropocène

La diversité et les fonctions microbiennes marines présentent des variations spatio-temporelles liées à leurs environnements biotiques et abiotiques. Partie intégrante de cet environnement, l’espèce humaine exerce un ensemble de pressions et perturbations sur le milieu marin, à l’échelle globale (changements climatiques) comme à l’échelle locale (pollutions chimiques).

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Ecologie microbienne et grands défis sociétaux

La connaissance des écosystèmes marins et de leur fonctionnement permet d’identifier des métabolismes et des traits fonctionnels microbiens. La prise en considération de l’impact humain dans les écosystèmes permet d’identifier les cibles potentielles d’amélioration de nos activités pour amoindrir leur effet ou des outils exploitant les ressources microbiennes. L’équipe MEB mettra à disposition de la société les savoirs acquis au niveau fondamental pour proposer des améliorations ou nouvelles solutions répondant aux problématiques de grands enjeux sociétaux.

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