Microbiologie Environnementale Biotechnologie (MEB)

L'objectif des recherches menées dans l'équipe «Microbiologie Environnementale et Biotechnologies» est de comprendre le rôle du compartiment microbien dans les écosystèmes marins. Notre objectif est d'intégrer les métabolismes de micro-organismes dans le fonctionnement des cycles biogéochimiques au sein des écosystèmes marins naturels et affectés par des perturbations anthropiques (contaminations organiques et métalliques) ou induites par le changement climatique. Un intérêt particulier est porté sur les inter-relations entre microorganismes et ces perturbations.

Nos objectifs sont de :

  • mieux caractériser la biodiversité microbienne dans les écosystèmes marins,
  • identifier les voies métaboliques et les mécanismes moléculaires permettant aux micro-organismes de s’adapter à des conditions environnementales spécifiques, y compris des conditions extrêmes et contaminées,
  •  développer des procédés biotechnologiques pour la bioénergie et la biorémédiation d’environnements contaminés, inspirés de la diversité des métabolismes microbiens.

Pour atteindre ces objectifs, nous développons une approche multidisciplinaire incluant l'écologie microbienne, la génomique et la post-génomique, la génétique et la biochimie. Nos études portent sur des échantillons environnementaux et des microorganismes modèles.
Notre équipe participe à de nombreuses campagnes océanographiques (Tara Oceans, HYDROPRONIE, HIPPOCAMPE, PEACETIME, SARGASSES, MOMARSAT, etc.) pour prélever des échantillons et effectuer une surveillance environnementale à long terme et à grande échelle. Elle participe également au développement d’outils bioinformatiques disponibles pour la communauté scientifique (Ocean Gene Atlas). Nos principaux domaines d'étude sont la mer Méditerranée (programme MOOSE, Antares), le Pacifique (programme SPOT, Micro-Prony), l'Atlantique Nord (EMSO-Açores) et l'océan Arctique (projet Green Edge). Un partenariat solide a été développé avec des instituts de recherche tunisiens, notamment par l’intermédiaire du laboratoire mixte international COSYS-MED. Des membres de l’équipe sont associés au consortium Tara Oceans et au projet GO-SEE (Global Oceans Systems Ecology & Evolution).

 

Voir les publications de l'équipe

 

Les recherches effectuées sont organisées en cinq axes thématiques

Rôle des interactions biotiques dans la dynamique des systèmes microbiens complexes

Le projet de cet axe thématique est de faire évoluer notre façon d’appréhender le compartiment microbien de l’étude descriptive de la biodiversité à une approche plus intégrée prenant en compte les relations entre taxons.

 

En savoir plus
 

Métabolismes microbiens impliqués dans le fonctionnement et le couplage des cycles biogéochimiques dans le contexte du changement climatique

L’équipe possède une forte expérience dans le domaine de l’écologie microbienne des environnements anaérobies notamment en ce qui concerne les cycles du C, S et N. Notre objectif aujourd’hui est de nous focaliser sur les couplages et interactions entre ces cycles dans le contexte des changements globaux et plus particulièrement l’installation d’épisodes d’hypoxies.

 

En savoir plus
 

Ecologie et physiologie des microorganismes dans des conditions extrêmes

Nous nous intéressons aux procaryotes qualifiés d’extrêmophiles car ils prolifèrent à des conditions physico-chimiques (température, pH, salinité, pression, radiations ionisantes) ou biologiques (source d’énergie) proches des limites de la vie sur Terre.

 

En savoir plus
 

Interactions entre microorganismes et contaminants

Notre objectif est de comprendre les influences réciproques entre les contaminants et les microorganismes marins, tant au niveau populationnel que moléculaire.

 

En savoir plus
 

Biotechnologie et Instrumentation

Cet axe a pour ambition de développer des procédés biotechnologiques à partir de microorganismes marins dédiés à la production d’énergie dites « propres » et de molécules à hautes valeurs ajoutées, ainsi qu’à la bioremédiation des environnements contaminés par des métaux.

 

En savoir plus
 

Protocole & Démarche Qualité