Formation à l’analyse bio-informatique
L’Institut de recherche pour le développement (IRD) a arbitré favorablement le projet structurant de formation (PSF) BIODIV 2021-2023 établi en partenariat avec l’Institut Supérieur des Sciences Biologiques Appliquées de Tunis (ISSBAT), la Faculté des Sciences de Tunis (FST), et l’Institut National des Sciences et Technologies de la Mer (INSTM).
Ce dispositif de formation sur trois ans a pour objectif de développer, renforcer et pérenniser des compétences bio-informatiques au niveau des institutions de l’enseignement supérieur et des équipes de recherche partenaires tunisiennes.
Le Dr. Fabrice Armougom (IRD) rattaché à l’Institut Méditerranéen d’Océanologie (UM 110) et porteur de ce projet structurant de formation, nous décrit ce programme.
Pourquoi la bio-informatique est-elle au cœur de ce projet ?
La bio-informatique est aujourd’hui un outil incontournable en sciences biologiques et environnementales. Elle est par exemple un maillon essentiel dans l’identification de nouveaux pathogènes, de biomarqueurs, ou encore dans l’étude de la diversité taxonomique et fonctionnelle des écosystèmes. Sa présence au cœur du projet réside aussi dans le fait que c’est une jeune discipline, délicate à appréhender car elle combine les mathématiques, l’informatique, la bio-statistique et la biologie.
Pourquoi avoir monté ce projet de formation ?
Nous avons monté ce projet car il répond aux besoins croissants en analyse bio-informatique, identifiés et clairement formulés par les structures de recherche (ISSBAT, INSTM) partenaires du MIO ou système universitaire (FST) tunisiens. Parmi l’ensemble des besoins et dans un contexte de changement climatique et démographique, nous proposons notamment un atelier dédié au séquençage haut débit et à l’exploration de la biodiversité microbienne pour la transition énergétique (LMI BIOTEC H2), ou en réponse aux perturbations environnementales et anthropiques (LMI Cosys-Med).
Quels sont les profils concernés ?
Notre PSF est un dispositif d’appui à la formation universitaire et aux structures de recherche. La population scientifique concernée est par conséquent très hétérogène. Au niveau universitaire, notre action de formation s’effectuera auprès des étudiants en Masters et doctorants de l’ISSBAT de la FST, et de l’INSTM. Au niveau des structures de recherche partenaires, nous accueillerons et formerons par ce dispositif des ingénieurs, chercheurs et enseignants-chercheurs.
Hana Gannoun, maître assistante à l’Institut supérieur des sciences biologiques appliquées de Tunis (ISSBAT) nous explique son investissement dans ce projet.
De quelle manière l’Institut supérieur des sciences biologiques appliquées de Tunis (ISSBAT) est-il impliqué ?
Un grand nombre de doctorats et d’enseignants chercheurs ont exprimé leur intérêt de participer à ces ateliers de formation. C’est dans ce sens que l’ISSBAT s’est engagée dans ce projet afin d’assurer la mise en place en premier lieu d’une formation pérenne en bio-informatique pour les doctorants et enseignants-chercheurs impliqués dans ce projet et pour améliorer les compétences des étudiants en cours de formation en deuxième lieu.
Pour le faire, l’ISSBAT veillera à assurer l’organisation et la mise en place de ces formations et mettra à la disposition de ce projet toute l’infrastructure (salle informatique, matériel informatique, réseau et connexion internet…) et les moyens logistiques nécessaires (salle des conférences, équipement audio-visuel, etc.) et veillera à bien mener toutes les actions programmées dans le cadre de ce projet.
Quels sont les apports pour la recherche tunisienne, à court, moyen et long termes ?
La bio-informatique est devenue un domaine de formation et un outil analytique incontournable dans les universités et les instituts de recherches. C’est un domaine de recherche en plein développement qui est à l’intersection de plusieurs disciplines dont l’objectif essentiel est de répondre à des questions biologiques en utilisant les séquences et les informations biologiques relatives à ces séquences.
A court terme, ce dispositif de formation permettra d’un côté de mettre en place une salle fonctionnelle et dédiée à l’analyse bio-informatique à l’ISSBAT et d’un autre côté, il permettra d’approfondir le savoir-faire des étudiants et des jeunes chercheurs tunisiens dans le domaine bio-informatique à travers des ateliers théoriques et pratiques.
A moyen et à long terme, le savoir-faire acquis en bio-informatique permettra non seulement d’avoir des compétences dans ce domaine mais aussi de s’en servir dans la recherche dans le domaine de la génomique appliquée à l’environnement (exploration de la biodiversité microbienne pour la valorisation énergétique de la biomasse pour la transition énergétique, ou en réponse aux variations environnementales et anthropiques ) et à la santé (étude épidémiologique, maladies génétiques et métaboliques, etc.).
Partenaires :
Faculté des Sciences de Tunis (FST), Université de Tunis El Manar,
Institut de recherche pour le développement (IRD),
Institut Méditerranéen d’Océanologie (MIO),
Institut National des Sciences et Technologies de la Mer (INSTM),
Institut Pasteur de Tunis (IPT),
Institut Supérieur des Sciences Biologiques Appliquées de Tunis (ISSBAT), Université de Tunis El Manar,
Laboratoire de Biochimie et Biotechnologie (LBB),
Laboratoire des Matériaux de l’Environnement pour le Développement Durable (LMEDD),
Laboratoire des Micro-organismes et Biomolécules Actives (LMBA),
Laboratoire Mixte International BIOTEC H2 (LMI BIOTEC H2),
Laboratoire Mixte International Cosys-Med (LMI Cosys-Med).