Interoperable vocabulary for marine microbial flow cytometry

La cytométrie en flux est utilisée de manière routinière en océanographie, cependant, les données sont difficilement échangeables faute de vocabulaire consensuel. Les groupes observés par cytométrie en flux en milieu marin ont porté de nombreux identifiants dont la définition n’était pas toujours partagée entre experts. Dans le papier Thyssen et al., 2022, un consortium international de 35 chercheurs, issus de 28 instituts différents, ont œuvrés pour créer le vocabulaire et la définition de 13 groupes cytométriques observés classiquement dans le milieu marin et appartenant au procaryotes et eucaryotes autotrophes et aux procaryotes hétérotrophes. Ce travail porté par le MIO (Soumaya Lahbib (présente au MIO de 2015 à 2018), Gérald Grégori, Aude Barani, Michel Denis, Melilotus Thyssen), a été initié suite à la participation du MIO aux projets européens SeaDataCloud et Jerico. La standardisation du vocabulaire est une étape indispensable pour le partage et l’ouverture des données comme attendus par les principes FAIR.

Thyssen, M., Grégori, G., Créach, V., Lahbib, S., Dugenne, M., Aardema, H.M., Artigas, L.-F., Huang, B., Barani, A., Beaugeard, L., Bellaaj-Zouari, A., Beran, A., Casotti, R., Del Amo, Y., Denis, M., Dubelaar, G.B.J., Endres, S., Haraguchi, L., Karlson, B., Lambert, C., Louchart, A., Marie, D., Moncoiffé, G., Pecqueur, D., Ribalet, F., Rijkeboer, M., Silovic, T., Silva, R., Marro, S., Sosik, H.M., Sourisseau, M., Tarran, G., Van Oostende, N., Zhao, L., Zheng, S., 2022. Interoperable vocabulary for marine microbial flow cytometry. Frontiers in Marine Science 9. https://doi.org/10.3389/fmars.2022.975877