Félicitations à Lauric Reynes (EMBIO ) qui a soutenu sa thèse en présentiel et par visioconférence le mardi 1er Juin 2021 à 14:00 (Amphithéâtre OCEANOMED,

Sur le sujet suivant :

"Connectivité et structure génétiques des populations d'Ericaria zosteroides (Fucales) et Laminaria rodriguezii (Laminariales) des côtes françaises"
Directeur de thèse : Thierry Thibault, MCF AMU
Co directeur : Didier Aurelle, MCF AMU

Les forêts d’algues brunes (Phaeophyceae) ; ordres des Laminariales (kelp) et des Fucales (Cystoseira, Sargassum, Ericaria, Gongolaria, Fucus pour la Méditerranée) sont soumises à des combinaisons de pressions d’origine anthropique. La réponse des forêts marines est néanmoins hautement variable selon les espèces et les populations considérées, mais également selon les causes de leur déclin. Le devenir de ces écosystèmes dépendra de la capacité des populations de ces espèces à évoluer dans cet environnement changeant.

A travers ma thèse, j’ai étudié les facteurs susceptibles de contrôler la structure et la diversité génétiques des forêts marines en me focalisant sur deux espèces endémiques du bassin Méditerranéen, la Fucale Ericaria zosteroides et le kelp des milieux profonds Laminaria rodriguezii. Ces espèces peuvent former de vastes forêts marines, d’une grande valeur écologique et socio-économique. Elles sont caractérisées par une distribution éparse et un faible potentiel de dispersion, avec des conséquences potentielles sur leur réponse au changement global.

Dans une première partie, je me suis intéressé à la connectivité des populations par une méthode de séquençage partiel du génome (RAD-seq). L’analyse de la structure génétique indique une forte différenciation génétique à de courte distance et une connectivité réduite, que ce soit pour les populations de E. zosteroides ou L. rodriguezii. En couplant structure génétique et modélisation des courants marins, j’ai étudié le rôle de la dispersion des propagules en prenant comme cas d’étude, les populations de E. zosteroides en Provence. Les résultats obtenus montrent que la structure génétique est davantage prédite par les courants marins que par l’isolement spatial. Cela supporte l’hypothèse que la dérive de rameaux fertiles peut être un vecteur de flux de gènes. Par ailleurs, le RAD-seq a permis de détecter des locus outliers qui pourraient être impliqués dans l’adaptation locale à la profondeur.

Dans une deuxième partie, je me suis intéressé au mode de reproduction du kelp L. rodriguezii, cette espèce étant l’une des rares du genre Laminaria à se reproduire par reproduction végétative et sexuée. La clonalité partielle, en interaction avec d’autres forces évolutives, telles que la dérive génétique et les mutations contrôlent l’évolution de la diversité génétique. Ici, j’ai employé le RAD-seq pour étudier à l’échelle du génome les signatures de la clonalité. Les résultats obtenus confirment l’impact de la clonalité sur la diversité génomique de L. rodriguezii, avec des niveaux variables selon les populations. La comparaison avec une espèce congénérique à reproduction sexuée (Laminaria digitata) montre que d’autres facteurs, notamment la dérive génétique peuvent avoir des effets confondants.

Outre les questionnements fondamentaux soulevés par ces résultats, l’existence d’une forte structure génétique à courte distance pour des populations éparses, a des implications importantes pour la conservation de ces espèces.