Pauline Le Coq<\/strong> soutiendra sa th\u00e8se le vendredi 30 octobre 2026<\/strong> \u00e0 13h00<\/strong> \u00e0 l’Amphith\u00e9\u00e2tre Oc\u00e9anomed sur le th\u00e8me : Activit\u00e9s et diversit\u00e9 fonctionnelle des communaut\u00e9s procaryotiques de l’oc\u00e9an m\u00e9sop\u00e9lagique : implications pour le budget de carbone.<\/em><\/p>

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Composition du jury<\/strong><\/h4>

• Eva ORTEGA-RETUERTA Rapporteuse Charge\u0301e de recherche, HDR, CNRS<\/li>
• Loi\u0308s MAIGNIEN Rapporteur Mai\u0302tre de confe\u0301rence, HDR, UBO<\/li>
• Brivae\u0308la MORICEAU Examinatrice Directrice de recherche\u00a0<\/li>
• Olivier PRINGAULT Pr\u00e9sident du jury Directeur de recherche IRD<\/li>
• Christian TAMBURINI Directeur de the\u0300se Directeur de recherche CNRS<\/li>
• Fabrice ARMOUGOM Co-directeur de the\u0300se Inge\u0301nieur de recherche IRD<\/li>
• Christel HASSLER Membre invite\u0301e Associate Professor<\/li><\/ul>

  \u00a0<\/h4>

  R\u00e9sum\u00e9<\/strong><\/h4>

  La zone m\u00e9sop\u00e9lagique de l’oc\u00e9an, situ\u00e9e entre environ 100 et 1 000 m de profondeur, constitue une zone cl\u00e9 de transformation du carbone export\u00e9 depuis la surface, avant qu’une fraction n’atteigne l’oc\u00e9an profond o\u00f9 elle peut \u00eatre s\u00e9questr\u00e9e \u00e0 long terme. Les procaryotes y jouent un r\u00f4le central dans le devenir de la mati\u00e8re organique par leurs activit\u00e9s h\u00e9t\u00e9rotrophes. Pourtant, leur demande estim\u00e9e en carbone exc\u00e8de fr\u00e9quemment les apports de carbone organique particulaire. En parall\u00e8le de la production h\u00e9t\u00e9rotrophe procaryotique (PHP), la fixation du carbone inorganique dissous sans \u00e9nergie solaire (DCF), notamment par chimioautotrophie, constitue une source de carbone organique susceptible de contribuer \u00e0 combler ce d\u00e9s\u00e9quilibre.<\/p>

  Cette th\u00e8se vise \u00e0 mieux contraindre la contribution des procaryotes au cycle du carbone m\u00e9sop\u00e9lagique en consid\u00e9rant conjointement ces deux processus. Les travaux, principalement men\u00e9s lors de la campagne APERO dans l’Atlantique Nord-Est, distinguent les procaryotes \u00ab en suspension \u00bb (libres et attach\u00e9s aux particules en suspension) de ceux associ\u00e9s aux particules en cours de chute. La combinaison de mesures d’activit\u00e9, d’approches mol\u00e9culaires et d’analyses m\u00e9tag\u00e9nomiques a permis d’examiner leurs contributions selon leur mode de vie, la profondeur et le contexte oc\u00e9anographique.<\/p>

  Chez les procaryotes en suspension, la DCF d\u00e9passe la PHP et pr\u00e9sente une forte variabilit\u00e9 spatiale en r\u00e9ponse aux structures m\u00e9so-\u00e9chelles. Int\u00e9gr\u00e9e \u00e0 l’\u00e9chelle de la zone m\u00e9sop\u00e9lagique, elle peut repr\u00e9senter jusqu’\u00e0 50 % des apports en carbone selon les stations. \u00c0 l’inverse, les procaryotes associ\u00e9s aux particules qui chutent pr\u00e9sentent une activit\u00e9 majoritairement h\u00e9t\u00e9rotrophe et une activit\u00e9 par cellule sup\u00e9rieure \u00e0 celle des communaut\u00e9s en suspension. Leur contribution \u00e0 la demande procaryotique en carbone atteint jusqu’\u00e0 21 %, soulignant leur r\u00f4le actif dans la transformation de la mati\u00e8re organique export\u00e9e. Ces diff\u00e9rences d’activit\u00e9 s’accompagnent d’une forte diff\u00e9renciation taxonomique et fonctionnelle. Les communaut\u00e9s en suspension sont principalement structur\u00e9es selon la profondeur, tandis que celles associ\u00e9es aux particules qui chutent varient fortement entre stations, sugg\u00e9rant une influence de l’origine et de la composition des particules export\u00e9es. Les communaut\u00e9s chimioautotrophes diff\u00e8rent \u00e9galement par leurs voies de fixation du carbone et leurs strat\u00e9gies d’acquisition d’\u00e9nergie, qui s’\u00e9tendent au-del\u00e0 de la nitrification traditionnellement associ\u00e9e \u00e0 la DCF. L’analyse du potentiel de d\u00e9gradation des polysaccharides r\u00e9v\u00e8le un large r\u00e9pertoire fonctionnel partag\u00e9, mais diff\u00e9remment repr\u00e9sent\u00e9 selon le mode de vie, avec un arsenal enzymatique particuli\u00e8rement d\u00e9velopp\u00e9 chez les communaut\u00e9s associ\u00e9es aux particules qui chutent.<\/p>

  Enfin, cette th\u00e8se explore la dynamique des communaut\u00e9s procaryotiques \u00e0 l’\u00e9chelle de la particule individuelle. Une approche exp\u00e9rimentale reproduisant la chute des particules dans la zone m\u00e9sop\u00e9lagique et les variations de pression hydrostatique associ\u00e9es a permis de suivre la transformation de leur microbiome au cours de leur descente. L’\u00e9valuation et l’optimisation d’approches de m\u00e9tabarcoding 16S long-read ont permis d’acc\u00e9der \u00e0 cette \u00e9chelle de tr\u00e8s faible biomasse avec une r\u00e9solution taxonomique<\/p>

  jusqu’au rang de l’esp\u00e8ce, ouvrant la voie \u00e0 l’\u00e9tude des particules comme microhabitats individuels dont les communaut\u00e9s se r\u00e9organisent au cours de leur transfert.<\/p>

  Dans son ensemble, cette th\u00e8se r\u00e9v\u00e8le que la contribution des procaryotes au cycle du carbone m\u00e9sop\u00e9lagique est structur\u00e9e par l’h\u00e9t\u00e9rog\u00e9n\u00e9it\u00e9 de leur environnement, des structures physiques m\u00e9so-\u00e9chelles aux microhabitats form\u00e9s par les particules en chute. Prendre en compte cette diversit\u00e9 de modes de vie, d’activit\u00e9s et de capacit\u00e9s m\u00e9taboliques appara\u00eet ainsi essentiel pour mieux contraindre le devenir du carbone export\u00e9 et les m\u00e9canismes qui d\u00e9terminent l’efficacit\u00e9 de sa s\u00e9questration dans l’oc\u00e9an profond.<\/p>\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t

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