{"id":6786,"date":"2021-12-03T10:10:15","date_gmt":"2021-12-03T09:10:15","guid":{"rendered":"https:\/\/www.mio.osupytheas.fr\/fr\/felicitations-a-emily-chase-meb-qui-a-soutenu-sa-these-le-mercredi-15-decembre-2021\/"},"modified":"2021-12-03T10:10:15","modified_gmt":"2021-12-03T09:10:15","slug":"felicitations-a-emily-chase-meb-qui-a-soutenu-sa-these-le-mercredi-15-decembre-2021","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.mio.osupytheas.fr\/fr\/felicitations-a-emily-chase-meb-qui-a-soutenu-sa-these-le-mercredi-15-decembre-2021\/","title":{"rendered":"F\u00e9licitations \u00e0 Emily Chase (MEB) qui a soutenu sa th\u00e8se le mercredi 15 D\u00e9cembre 2021"},"content":{"rendered":"
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Sur le sujet suivant : “PHYCOVIR : diversit\u00e9 et impact des virus sur la culture intensive de microalgues en milieu ouvert”
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Directeur de th\u00e8se : Guillaume Blanc, Directeur de Recherche
Co-directeur : Christelle Desnues, Directeur de recherche<\/p>

R\u00e9sum\u00e9\u00a0:<\/p>

Afin de mieux comprendre la diversit\u00e9 et le r\u00f4le des virus du phytoplancton, ce travail de th\u00e8se a \u00e9t\u00e9 consacr\u00e9e \u00e0 l’\u00e9tude d’un syst\u00e8me de culture de microalgues \u00e0 l’\u00e9chelle industrielle, appel\u00e9 lagune de culture intensifi\u00e9e (HRAP pour \u201chigh rate algal pond\u201d en anglais), situ\u00e9 \u00e0 Palavas-les-Flots, France. L’objectif de l’\u00e9tude \u00e9tait d’examiner les accidents de culture (c’est-\u00e0-dire les \u00e9pisodes de mortalit\u00e9 massive des microalgues) survenant dans le HRAP, dont la cause est inconnue. Nous avons \u00e9mis l’hypoth\u00e8se que des virus de microalgues pourraient coexister avec les microalgues dans le HRAP, et par cons\u00e9quent affecter la culture – au point de causer ou de contribuer \u00e0 la mort des microalgues. Cette \u00e9tude repr\u00e9sente la premi\u00e8re tentative d’exploration de la diversit\u00e9 virale dans un HRAP, en m\u00eame temps que la collecte de donn\u00e9es des h\u00f4tes potentiels gr\u00e2ce au m\u00e9tabarcodage 18S. L’\u00e9tude cible l\u2019ensemble des compartiments viraux \u00e0 travers le s\u00e9quen\u00e7age des viromes d’ARN et d’ADN, ainsi que les populations potentielles de virus g\u00e9ants (Nucleocytoviricota). L\u2019analyse bioinformatique des s\u00e9quences a permis d\u2019identifier des virus pr\u00e9sents dans le HRAP, et la dynamique de leurs populations a \u00e9t\u00e9 suivie par la m\u00e9thode (RT)-qPCR sur une s\u00e9rie d’\u00e9chantillons d’eau pr\u00e9lev\u00e9s sur deux ans de culture. Les viromes ont \u00e9t\u00e9 utilis\u00e9s pour identifier les virus putatifs des microalgues, en d’autres termes, des agents infectieux potentiels qui peuvent influencer la culture du HRAP et contribuer ou causer directement la mort des microalgues. Il s’agit d’acteurs cl\u00e9s tels que la famille Marnaviridae (Ordre des Picornavirales ; virus \u00e0 ARN), les NCDLV de la famille Phycodnaviridae et de la famille Mimiviridae, un membre de la famille Lavidaviridae (c’est-\u00e0-dire un virophage), et les \u00ab\u00a0polinton-like viruses\u00a0\u00bb (PLVs), tous ayant des associations connues avec les microalgues. Une exploration approfondie de ces acteurs cl\u00e9s, les nouveaux virus putatifs du HRAP, est r\u00e9alis\u00e9e et des inf\u00e9rences sur les h\u00f4tes sont faites en utilisant les donn\u00e9es du m\u00e9tabarcodage 18S, coupl\u00e9es aux donn\u00e9es dynamiques de notre approche (RT)-qPCR. Les r\u00e9sultats sont un regard complet sur les virus du HRAP, en particulier les virus putatifs des microalgues, dans le contexte d’une culture \u00e0 l’\u00e9chelle industrielle et de sa maintenance. Le dernier chapitre de la th\u00e8se d\u00e9crit une \u00e9tude bioinfomatique des s\u00e9quences g\u00e9nomiques d\u2019algues vertes unicellulaires du genre Tetraselmis qui a permis d\u2019identifier et de caract\u00e9riser des formes virales int\u00e9gr\u00e9es (i.e., ADN viral ins\u00e9r\u00e9 dans les chromosomes de l\u2019algue) apparent\u00e9es au virus Tsv-N1, aux PLVs mis en \u00e9vidence dans le HRAP, aisni qu\u2019au virus g\u00e9ant TetV-1. Cette analyse \u00e9tend nos connaissances sur la diversit\u00e9 des virus des Tetraselmis et la complexit\u00e9 des interactions biologiques et \u00e9volutives entre ces partenaires<\/p><\/div><\/div><\/div> <\/div> <\/div> <\/div> <\/div> <\/div><\/div>","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

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