{"id":6949,"date":"2023-05-03T22:00:00","date_gmt":"2023-05-03T20:00:00","guid":{"rendered":"https:\/\/www.mio.osupytheas.fr\/fr\/campagne-bioswot-med-interview-de-magali-lescot\/"},"modified":"2023-05-03T22:00:00","modified_gmt":"2023-05-03T20:00:00","slug":"campagne-bioswot-med-interview-de-magali-lescot","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.mio.osupytheas.fr\/fr\/campagne-bioswot-med-interview-de-magali-lescot\/","title":{"rendered":"Campagne BioSWOT-Med : Interview de Magali Lescot"},"content":{"rendered":"
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Les Omics<\/strong><\/h3>

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Dans le cadre de la campagne BioSWOT-Med, Magali Lescot est responsable du WP5 sur la g\u00e9nomique. Elle collectera des \u00e9chantillons pour \u00e9tudier la communaut\u00e9 microbienne (virus, bact\u00e9ries, protistes) afin d’\u00e9valuer le caract\u00e8re disparate de ces types fonctionnels et taxons du plancton et de surveiller les r\u00e9ponses fonctionnelles biog\u00e9ochimiques \u00e0 court terme du microbiome \u00e0 l’environnement physique hautement dynamique.<\/p>

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Magali Lescot \u00e0 bord du R\/V L’Atalante pendant la campagne BioSWOT-Med.<\/p>

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LES TH\u00c8MES DE RECHERCHE<\/strong> – Magali Lescot est ing\u00e9nieur de recherche au CNRS (Centre National de la Recherche Scientifique), \u00e0 l’Institut M\u00e9diterran\u00e9en d’Oc\u00e9anographie situ\u00e9 \u00e0 Marseille (France). Ses recherches portent sur l’\u00e9volution du g\u00e9nome du plancton et son adaptation \u00e0 son environnement. Dans le cadre de la campagne BioSWOT-Med, elle est responsable du groupe de travail sur la g\u00e9nomique.<\/p>

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Dans le cadre de la campagne BioSWOT-Med, vous collecterez des \u00e9chantillons pour \u00e9tudier la communaut\u00e9 microbienne (virus, bact\u00e9ries, protistes). Quelles sont les diff\u00e9rentes hypoth\u00e8ses pour expliquer leur distribution et leur dispersion ?<\/strong><\/h4>

La distribution et la dispersion de la communaut\u00e9 microbienne (plancton) d\u00e9pendent des param\u00e8tres environnementaux et de la physique de l’oc\u00e9an.<\/p>

Dans le cadre de la campagne BioSWOT-Med, nous testerons deux hypoth\u00e8ses. La premi\u00e8re hypoth\u00e8se est celle des “niches dynamiques fluides” – Le brassage horizontal peut cr\u00e9er une mosa\u00efque de masses d’eau d’origines diff\u00e9rentes, dans laquelle des communaut\u00e9s phytoplanctoniques contrast\u00e9es peuvent se d\u00e9velopper. Les r\u00e9gions de contact o\u00f9 plusieurs de ces “niches dynamiques fluides” sont agit\u00e9es ensemble et finissent par se m\u00e9langer deviendront des points chauds de la diversit\u00e9.<\/p>

Selon cette hypoth\u00e8se, la formation ou la dissipation de fines couches verticales de phytoplancton au cours de la stratification ou du m\u00e9lange peut modifier sensiblement les concentrations de phytoplancton, les taux de rencontre avec les brouteurs et les pertes dues au broutement, modulant ainsi la structure et la diversit\u00e9 des communaut\u00e9s et, en fin de compte, leurs fonctions biog\u00e9ochimiques.<\/p>

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Vous utiliserez une s\u00e9rie de techniques appel\u00e9es “omiques” ? De quoi s’agit-il ?<\/strong><\/h4>

Les “omics” correspondent aux disciplines telles que la g\u00e9nomique, la m\u00e9tabolomique, la prot\u00e9omique, la m\u00e9tag\u00e9nomique ou la transcriptomique pour \u00e9tudier les mol\u00e9cules (telles que les g\u00e8nes pour la g\u00e9nomique, les transcrits pour la transcriptomique) d’une cellule, d’un organisme ou d’un \u00e9cosyst\u00e8me.<\/p>

Par exemple, le m\u00e9tabarcoding (amplification de marqueurs g\u00e9n\u00e9tiques, g\u00e9nomique) permet de d\u00e9crypter la diversit\u00e9 de la communaut\u00e9 microbienne en identifiant plusieurs taxons simultan\u00e9ment dans un \u00e9chantillon \u00e0 l’aide du s\u00e9quen\u00e7age de l’ADN.<\/p>

Le s\u00e9quen\u00e7age des g\u00e8nes exprim\u00e9s par les micro-organismes (transcriptome) nous renseignera plut\u00f4t sur la fonction des g\u00e8nes et sur ce que font les micro-organismes au moment o\u00f9 nous les utilisons.<\/p>

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Syst\u00e8me de filtration s\u00e9quentielle de la colonne d’eau. Une pompe p\u00e9ristaltique fait passer l’eau de mer dans le syst\u00e8me. L’eau de mer passe d’abord \u00e0 travers un appareil de filtration de 142 mm \u00e9quip\u00e9 d’un filtre PC de 3 \u03bcm, puis \u00e0 travers un appareil de filtration de 142 mm \u00e9quip\u00e9 d’un filtre PC de 0,2 \u03bcm.<\/p>

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\u00c9quipement de filtration compos\u00e9 d’une rampe de filtration (\u00e0 gauche) et d’unit\u00e9s de filtration de 47 mm (\u00e0 droite) reli\u00e9es \u00e0 une pompe \u00e0 vide utilis\u00e9e pour analyser les \u00e9chantillons collect\u00e9s \u00e0 l’aide d’un remorquage vertical par un filet \u00e0 plancton de 20 \u03bcm de maille depuis 100 m de profondeur jusqu’\u00e0 la surface de la colonne d’eau. Le mat\u00e9riel collect\u00e9 dans le cul de chalut du filet \u00e0 plancton est dilu\u00e9 et s\u00e9par\u00e9 en sous-\u00e9chantillons. Chaque sous-\u00e9chantillon est ensuite filtr\u00e9 \u00e0 travers des filtres \u00e0 membrane en polycarbonate de 10 \u03bcm (47 mm de diam\u00e8tre) sous pression sous vide (voir l’image de droite). Apr\u00e8s filtration, les membranes doivent \u00eatre laiss\u00e9es \u00e0 s\u00e9cher, soigneusement pli\u00e9es et plac\u00e9es dans des tubes individuels et conserv\u00e9es \u00e0 -80\u00b0C.<\/p>

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Contact: Tosca Ballerini<\/a><\/p>

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En savoir plus<\/strong><\/a><\/h4>

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