{"id":6954,"date":"2023-05-09T22:00:00","date_gmt":"2023-05-09T20:00:00","guid":{"rendered":"https:\/\/www.mio.osupytheas.fr\/fr\/campagne-bioswot-med-interview-de-veronique-cornet\/"},"modified":"2023-05-09T22:00:00","modified_gmt":"2023-05-09T20:00:00","slug":"campagne-bioswot-med-interview-de-veronique-cornet","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.mio.osupytheas.fr\/fr\/campagne-bioswot-med-interview-de-veronique-cornet\/","title":{"rendered":"Campagne BioSWOT-Med : Interview de V\u00e9ronique Cornet"},"content":{"rendered":"
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Comment \u00e9tudier la diversit\u00e9 du phytoplancton ?<\/strong><\/h3>

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V\u00e9ronique Cornet est une sp\u00e9cialiste du microphytoplancton et de son r\u00f4le dans la pompe \u00e0 carbone biologique. Elle explique ici ce qu’est le phytoplancton, comment le collecter en mer et comment analyser sa diversit\u00e9.<\/p>

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V\u00e9ronique Cornet et le phytonet<\/p>

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LES INSTRUMENTS DES OC\u00c9ANOGRAPHES<\/strong> – V\u00e9ronique Cornet est ing\u00e9nieur de recherche au CNRS et travaille \u00e0 l’Institut oc\u00e9anographique de la M\u00e9diterran\u00e9e (IOM). Au cours de sa carri\u00e8re, elle a particip\u00e9 \u00e0 10 campagnes oc\u00e9anographiques dans l’oc\u00e9an Austral (\u00eeles Kerguelen – \u00eele Macquarie), le Pacifique (Nouvelle-Cal\u00e9donie – Polyn\u00e9sie, \u00eeles Salomon) et la mer M\u00e9diterran\u00e9e, ainsi qu’\u00e0 un camp de glace dans l’Arctique. Sp\u00e9cialiste du microphytoplancton et de son r\u00f4le dans la pompe \u00e0 carbone biologique, elle d\u00e9crit dans cette interview ce qu’est le phytoplancton, comment le collecter en mer \u00e0 l’aide du phytonet et des bouteilles Niskin et comment analyser sa diversit\u00e9 \u00e0 l’aide du PlanktoScope, du microscope optique et du microscope \u00e9lectronique \u00e0 balayage (MEB).<\/p>

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Tout d’abord, qu’est-ce que le phytoplancton ?<\/strong><\/h4>

Le nom vient des mots grecs \u03c6\u03c5\u03c4\u03cc\u03bd, qui signifie “plante”, et \u03c0\u03bb\u03b1\u03b3\u03ba\u03c4\u03cc\u03c2, qui signifie “errant” ou “\u00e0 la d\u00e9rive”. Le phytoplancton est la composante autotrophe de la communaut\u00e9 planctonique et constitue un \u00e9l\u00e9ment cl\u00e9 des \u00e9cosyst\u00e8mes oc\u00e9aniques et d’eau douce. Il est responsable de plus de la moiti\u00e9 de la production primaire mondiale des oc\u00e9ans et de l’exportation du carbone anthropique vers les profondeurs de l’oc\u00e9an. Il est essentiel de conna\u00eetre et de comprendre le fonctionnement du phytoplancton dans le contexte du changement climatique actuel.<\/p>

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Qu’allez-vous \u00e9tudier sur le phytoplancton pendant la campagne ?<\/strong><\/h4>

Pendant la campagne BioSWOT-Med, nous chercherons \u00e0 obtenir des informations sur la part des diatom\u00e9es dans l’efflorescence printani\u00e8re et sur la contribution possible des diatom\u00e9es de taille nanoplanctonique. Au cours de la campagne, nous aurons l’occasion de r\u00e9aliser en parall\u00e8le un certain nombre d’\u00e9chantillons de cytom\u00e9trie et de biologie mol\u00e9culaire pour les analyser en microscopie. Cela nous permettra de comparer les donn\u00e9es obtenues par ces diff\u00e9rentes approches.<\/p>

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Comment les \u00e9chantillons de phytoplancton sont-ils collect\u00e9s et comment sont-ils conserv\u00e9s avant d’\u00eatre analys\u00e9s ?<\/strong><\/h4>

Au cours de la campagne BioSWOT-Med, nous utiliserons deux techniques d’\u00e9chantillonnage : La premi\u00e8re consiste \u00e0 utiliser un filet \u00e0 plancton ou phytonet, avec un maillage de 20 microns : une ligne verticale est trac\u00e9e entre 200 m\u00e8tres du fond et la surface ; un sous-\u00e9chantillon de ce filet est observ\u00e9 imm\u00e9diatement et 2 sous-\u00e9chantillons sont fix\u00e9s ; 1 dans du lugol acide et 1 dans du formol neutre et conserv\u00e9s dans un endroit frais et sombre. Les profondeurs \u00e9tudi\u00e9es seront 200 m – le “DCM” (profondeur variable) – et la surface. Ces \u00e9chantillons seront fix\u00e9s avec du lugol acide et du formol neutre.<\/p>

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Comment analyser les \u00e9chantillons et comment \u00e9tudier la diversit\u00e9 du phytoplancton ?<\/strong><\/h4>

Un sous-\u00e9chantillon du phytonet sera observ\u00e9 en direct au microscope afin d’\u00e9valuer la structure de la communaut\u00e9 et d’acqu\u00e9rir des images de bonne qualit\u00e9 pour alimenter nos bases de donn\u00e9es d’images. Cet \u00e9chantillon sera \u00e9galement analys\u00e9 \u00e0 l’aide d’un PlanktoScope, un appareil de table qui permet d’acqu\u00e9rir des images semi-continues du plancton pr\u00e9sent dans notre \u00e9chantillon. Compar\u00e9 au microscope, cet appareil nous permet d’acqu\u00e9rir rapidement un grand nombre d’images repr\u00e9sentatives de la diversit\u00e9 de notre \u00e9chantillon ; nous utiliserons ensuite un logiciel de reconnaissance automatique d’images pour les trier et les classer par grands groupes taxonomiques.<\/p>

Un autre sous-\u00e9chantillon non fix\u00e9 sera filtr\u00e9 pour \u00eatre observ\u00e9 au microscope \u00e9lectronique \u00e0 balayage (MEB) en laboratoire. Cette technique permet de grossir l’image jusqu’\u00e0 175 000 fois (un microscope “classique” grossit jusqu’\u00e0 1000 fois), ce qui nous permet une identification taxonomique tr\u00e8s fine, en particulier pour les nano diatom\u00e9es qui sont difficiles \u00e0 reconna\u00eetre avec la microscopie optique.<\/p>

Les \u00e9chantillons fix\u00e9s seront \u00e9tudi\u00e9s en laboratoire \u00e0 l’aide d’un microscope optique : identification, comptage et mesure du biovolume des cellules phytoplanctoniques. La mesure du biovolume permet d’\u00e9valuer la biomasse carbon\u00e9e des cellules. En combinant comptage, identification et mesure, on acc\u00e8de \u00e0 la structure de la communaut\u00e9 non seulement en termes d’abondance mais aussi \u00e0 la contribution des esp\u00e8ces ou des groupes fonctionnels en termes de biomasse.<\/p>

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Le phytonet<\/p>

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La rosette CTD<\/p>

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Le PlanktoScope<\/p>

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Nano diatom\u00e9e Minidiscus sp. Cr\u00e9dit : V\u00e9ronique Cornet<\/p>

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Diatom\u00e9e Asterolampra marylandica. Cr\u00e9dit : V\u00e9ronique Cornet<\/p>

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Montage d’images prises par le PlanktoScope. Cr\u00e9dits : V\u00e9ronique Cornet<\/p>

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En savoir plus<\/strong><\/a><\/h4>

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