Jour 11
10 février 2022
En ce moment, le laboratoire tourne jour et nuit : Rosette, Marine Snow Catcher, Filet à plancton, Colonisateurs, Sediment Trap.. Les équipes ont été très efficaces, même si au prix de leur sommeil.
Nous aimerions tout vous partager en temps réel mais la connexion en mer et le rythme à bord demandent un peu de patience !
Marine Snow Catcher (MSC)
La neige marine fascine... et de ce fait le MSC ne connait pas beaucoup de repos! Les équipes non plus... Les échantillonnages se font de jour comme de nuit à des profondeurs différentes pour avoir un maximum de données sur les particules.
Pauline s'exerce au laboratoire à travers ces protocoles de prélèvement aux cotés de Marc, Chloé, Sophie et Najib.
Pour rappel, le MSC permet de capturer 100L d'eau dans une zone souhaitée et sépare ensuite les particules en fonction de leur vitesse de chute. Après décantation, trois parties sont différenciées : les suspendues (qui flottent), les slow sinking (qui coulent doucement) et les fast sinking (qui coulent rapidement au fond). La vitesse de chute des particules dépend de leur densité.
L'équipe s'intéresse aux bactéries qui vivent sur la neige marine. Ils aimeraient décrire les communautés bactériennes associées aux particules selon leur vitesse de chute pour mieux comprendre la pompe biologique de carbone qu'elles représentent.
Grâce au MSC, ils peuvent prélever des échantillons des bactéries présentes sur les particules d'un étage de la colone d'eau (suspendues, slow sinking, fast sinking).
Alors ils fonctionnent ces grigris?
L'équipe s'occupe des trois parties : suspendues, slow sinking et fast sinking ; en appliquant à chaque fois la même méthode.
Ils font passer la quantité d'eau concernée dans une pompe qui diffuse doucement l'eau à travers des filtres de mailles différentes. Les particules sont filtrées selon leur taille ce qui permet d'obtenir un deuxième échantillonnage. Les particules de neige marine peuplées de micro-ogranismes seront étudiées au labo du MIO à Marseille.
Les chercheurs tenteront d'identifier les espèces bactériennes présentes dans les couches de particules à l'aide de leurs gènes. Pour cela, les bactéries seront lysées (cassées), et seul leur matériel génétique sera conservé. Une fois extrait, l'acide nucléique (ADN, ARN) sera comparé aux gènes répértoriés dans une banque de données qui conserve les archives génétiques de micro-organismes déjà étudiés.
Les bactéries sont d'une part définies par des gènes communs au monde bactérien et d'autre part par des gènes plus spécifiques, communs à une espèce de bacterie. Les chercheurs se serviront de ce dernier repère pour les identifier !
La chance qui émane des grigris de Chloé les conduira peut être à découvrir des espèces bactériennes jamais encore décrites !
Le Sediment Trap
Ce drôle d'outil fait partie de la panoplie de nos microbiologistes océanologues à bord. C'est un piège à particules qui, tout comme le Marine Snow Catcher, permet d'échantillonner des particules dans l'eau. Seulement, il ne prélève pas une zone de l'eau, mais il capture les flocons de neige marine durant leur chute. Le sediment trap est immergé à la profondeur voulu et laissé le nombre d'heures souhaitées. Il retient les particules de neige marine dans leur descente à l'intérieur de ces 4 tubes (photo).
Chloé a ingénieusement développé un gel pour piéger les particules. Elle en dispose une tranche dans chacun des tubes avant leur immersion, et les particules atterrissent naturellement dessus. Une fois qu'elles ont pénétré dans le gel, elles sont capturées! Ce gel a des propriétés chimiques qui figent toute activité biologique des micro organismes et Chloé peut ainsi récupérer les particules une par une et les étudier séparément.
Contrairement aux études qui suivent le Marine Snow Catcher, celle-ci permet d'étudier la communauté bactérienne présente sur chaque particule de neige marine prélevée.
Le Nautile toujours en action
Les équipes à bord du navire ne s'arrêtent pas, il en va de même pour les équipes du Nautile sous l'eau ! Les missions sur le site EMSO-LO se poursuivent tant que la houle le permet.
Des infrastructures du fond nécessitent encore d'être déplacées, branchées ou déployées. La mise à l'eau des appareils n'est qu'une première étape dans leur mise en place.
Les opérations du Nautile sont longues et minutieuses, mais jusqu'ici guidées par le succès !