Campagne BioSWOT-Med : Interview de Magali Lescot

Les Omics

Dans le cadre de la campagne BioSWOT-Med, Magali Lescot est responsable du WP5 sur la génomique. Elle collectera des échantillons pour étudier la communauté microbienne (virus, bactéries, protistes) afin d'évaluer le caractère disparate de ces types fonctionnels et taxons du plancton et de surveiller les réponses fonctionnelles biogéochimiques à court terme du microbiome à l'environnement physique hautement dynamique.

Magali Lescot à bord du R/V L'Atalante pendant la campagne BioSWOT-Med.

LES THÈMES DE RECHERCHE - Magali Lescot est ingénieur de recherche au CNRS (Centre National de la Recherche Scientifique), à l'Institut Méditerranéen d'Océanographie situé à Marseille (France). Ses recherches portent sur l'évolution du génome du plancton et son adaptation à son environnement. Dans le cadre de la campagne BioSWOT-Med, elle est responsable du groupe de travail sur la génomique.

Dans le cadre de la campagne BioSWOT-Med, vous collecterez des échantillons pour étudier la communauté microbienne (virus, bactéries, protistes). Quelles sont les différentes hypothèses pour expliquer leur distribution et leur dispersion ?

La distribution et la dispersion de la communauté microbienne (plancton) dépendent des paramètres environnementaux et de la physique de l'océan.

Dans le cadre de la campagne BioSWOT-Med, nous testerons deux hypothèses. La première hypothèse est celle des "niches dynamiques fluides" - Le brassage horizontal peut créer une mosaïque de masses d'eau d'origines différentes, dans laquelle des communautés phytoplanctoniques contrastées peuvent se développer. Les régions de contact où plusieurs de ces "niches dynamiques fluides" sont agitées ensemble et finissent par se mélanger deviendront des points chauds de la diversité.

Selon cette hypothèse, la formation ou la dissipation de fines couches verticales de phytoplancton au cours de la stratification ou du mélange peut modifier sensiblement les concentrations de phytoplancton, les taux de rencontre avec les brouteurs et les pertes dues au broutement, modulant ainsi la structure et la diversité des communautés et, en fin de compte, leurs fonctions biogéochimiques.

Vous utiliserez une série de techniques appelées "omiques" ? De quoi s'agit-il ?

Les "omics" correspondent aux disciplines telles que la génomique, la métabolomique, la protéomique, la métagénomique ou la transcriptomique pour étudier les molécules (telles que les gènes pour la génomique, les transcrits pour la transcriptomique) d'une cellule, d'un organisme ou d'un écosystème.

Par exemple, le métabarcoding (amplification de marqueurs génétiques, génomique) permet de décrypter la diversité de la communauté microbienne en identifiant plusieurs taxons simultanément dans un échantillon à l'aide du séquençage de l'ADN.

Le séquençage des gènes exprimés par les micro-organismes (transcriptome) nous renseignera plutôt sur la fonction des gènes et sur ce que font les micro-organismes au moment où nous les utilisons.

Système de filtration séquentielle de la colonne d'eau. Une pompe péristaltique fait passer l'eau de mer dans le système. L'eau de mer passe d'abord à travers un appareil de filtration de 142 mm équipé d'un filtre PC de 3 μm, puis à travers un appareil de filtration de 142 mm équipé d'un filtre PC de 0,2 μm.

Équipement de filtration composé d'une rampe de filtration (à gauche) et d'unités de filtration de 47 mm (à droite) reliées à une pompe à vide utilisée pour analyser les échantillons collectés à l'aide d'un remorquage vertical par un filet à plancton de 20 μm de maille depuis 100 m de profondeur jusqu'à la surface de la colonne d'eau. Le matériel collecté dans le cul de chalut du filet à plancton est dilué et séparé en sous-échantillons. Chaque sous-échantillon est ensuite filtré à travers des filtres à membrane en polycarbonate de 10 μm (47 mm de diamètre) sous pression sous vide (voir l'image de droite). Après filtration, les membranes doivent être laissées à sécher, soigneusement pliées et placées dans des tubes individuels et conservées à -80°C.

Contact: Tosca Ballerini

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