Covid-19 : l'expertise Sud et le partenariat de l'IRD contre la pandémie

L’expérience des chercheurs de l’IRD sur les terrains intertropicaux fournit des enseignements précieux en termes d’analyse de la pandémie, d'épidémiologie, de traitement et d'orientation des politiques publiques de santé.

Les chercheurs de l’IRD et leurs partenaires scientifiques dans les pays du Sud sont fortement mobilisés contre la pandémie, au travers des actions concertées de la recherche française et internationale, sur le terrain et en soutien à la décision publique.

 

Mise en place des moyens diagnostics, éclairage des sciences sociales, appui à la surveillance épidémiologique, liens avec les bouleversements de la biodiversité, analyse des réponses des systèmes de santé : recherches et moyens de l'Institut ont été réorientés pour lutter contre la pandémie dès que cela était possible.

La présence de chercheurs IRD en mission longue durée ou en expatriation ou d’équipes spécifiques IRD (unités mixtes, jeunes équipes associées) chez les partenaires a favorisé des réactions rapides.

Collaborer avec les partenaires africains pour enrayer la progression du virus sur le continent

L’UMR TransVIHMI (Montpellier) porte le projet CORAF (Coronavirus Afrique) destiné à répondre rapidement aux questions sociales posées par l'épidémie et éclairer les décideurs en comparant notamment la réponse au Sénégal (d'initiative ministérielle), au Burkina (d'initiative communautaire) et au Bénin. L'étude repose notamment sur la veille et l'analyse des médias et des opinions en ligne. La même unité TransVIHMI, au travers des LMI Prévihmi (Cameroun et RDC) et RESPIRE (Guinée), a appuyé la mise en œuvre de moyens diagnostics dans ces trois pays.
L’expertise de l’unité UVE a pu être apportée au Mali et au Sénégal pour appuyer la détection (mais aussi en Bolivie et en Martinique).  
Au CIRMF (Gabon), laboratoire de référence OMS pour les zoonoses en Afrique Centrale, l’Unité Mivegec (au travers notamment de la présence d'un chercheur IRD sur place) a été sollicitée  pour rapprocher les moyens diagnostics de la population.
L'Unité Mivegec est également mobilisée au Burkina-Faso, à Madagascar (ainsi qu'au Mexique) pour aider à la modélisation de l'épidémie, afin d'appuyer la décision publique.
L’unité SESSTIM est en contact avec le Ministère de la santé au Burkina Faso, afin d'appuyer l’analyse de la progression du virus.
Au Ghana, l'UMR Merit, hébergée au Noguchi Memorial Institute for Medical Research, centre de référence national pour le dépistage du Covid-19, apporte un appui logistique pour augmenter les capacités de diagnostic. 
L’IRD est membre du consortium Pan-African Network For Rapid Research, Response, Relief and Preparedness for Infectious Diseases Epidemics (PANDORA-ID-NET) qui collabore actuellement avec le CDC africain pour offrir une assistance en termes de surveillance et de formation aux équipes sur place.
L’IRD est partenaire du réseau WANETAM, West frican Network for poverty related diseases (PRDs) qui a bénéficié d’un financement pour enrayer la progression du virus en Afrique de la Fondation Gates.

Mais aussi avec nos partenaires asiatiques 

Les unités Vitrome, MEPHI et UVE ont été en première ligne dans la prise en charge des premiers rapatriés de Chine au travers de l’IHU Méditerranée infection et continuent à être impliquées fortement dans les dépistages et les essais en cours.
Grâce à la présence au Laos en février 2020 d'une chercheuse IRD (UVE), un appui a pu être apporté à la formation des équipes de l’hôpital Mahosot de Vientiane sur la technologie du diagnostic de l’infection. L'Institut est impliqué dans deux autres projets de recherche sur le suivi de l'émergence et de la propagation du virus, sa surveillance dans les zones rurales ainsi qu’un possible projet ANR portant sur les animaux dans les marchés.
L'unité de recherche internationale PHPT de l'IRD en Thaïlande a répondu à un appel du Welcome trust, pour proposer une étude clinique et virologique chez les femmes enceintes fébriles.
Avec les partenaires thaïlandais de l'IRD (AMS: faculté des sciences médicales), un laboratoire de biologie moléculaire est monté pour proposer des tests de dépistage sous forme de « drive through »  (en dehors de la ville et à distance des hôpitaux et permettant aux personnes d’avoir le moins d’interactions possibles, pour réduire la peur de la contamination)
Au Vietnam, une équipe pluridisciplinaire de chercheurs d'Ummisco, de Mivegec et de Diade construit à partir des données disponibles des modèles informatiques spatialisés réalistes afin d'éclairer les décisions de santé publiques (comparaisons et combinaisons entre stratégies, influence sur la dynamique de transmission, optimisations possibles en termes de temporalité d'implantation...). Les modèles sont consultables et téléchargeables librement depuis le serveur GitHub de la JEAI Warm et le détail de la méthodologie sur le site GAMA. 

Contribuer à la mobilisation scientifique collective contre le virus

Deux initiatives scientifiques IRD portées respectivement  par Laetitia Atlani-Duault et Marc Egrot et centrées sur l’apport des sciences sociales, ont été sélectionnées dans le cadre de la mobilisation coordonnée par Aviesan pour accélérer la recherche sur le virus et sur la maladie COVID-19, via l’action du consortium REACTing coordonné par l’Inserm. Le projet porté par Laetitia Atlani-Duault a pour objet d’analyser les big-data en provenance des réseaux sociaux (pour la partie francophone cela inclut l’Afrique de l'Ouest).
Plusieurs projets de recherche impliquant des équipes IRD ont été retenus pour un financement de la Commission européenne destiné à faire progresser la compréhension du coronavirus, contribuer à une gestion clinique plus efficace ainsi que la préparation et la réponse des systèmes de santé publique à l'épidémie : diagnostic avec The European Virus Archive - GLOBAL (EVA-GLOBAL or EVAg) mais aussi PANDORA-ID-NET.
Le projet de recherche COCONEL (Coronavirus et CONfinement : Enquête longitudinale) porté au sein de l'UMR Vitrome vise à analyser les perceptions, connaissances et comportements de la population française face à l'expérience inédite du confinement et de façon plus générale face à la pandémie. Ce projet a reçu le soutien financier de l'IRD pour une première vague d'enquête.
Une expérimentation a été lancée par l'UMR ISEM (Jean-Christophe Avarre) et la société IDVet autour d'une solution diagnostique rapide. 

Analyser et anticiper l’évolution de la pandémie  

L’unité PIMIT a travaillé sur la Phylogénie du virus.? 
Trois chercheurs des UMR Ceped et RESILIENCES ont obtenu un financement des Instituts de Recherche en Santé du Canada pour un projet co-porté avec l'Université Mac Gill sur la réponse au COVID-19 de quatre systèmes de santé différents (Canada, France, Brésil, Mali). 
Les chercheurs de l'IRD travaillent à la modélisation de l'épidémie, notamment au sein de l'unité Mivegec (un projet ayant été sélectionné dans le cadre de l'ANR Flash Covid-19)
Des chercheurs de l'AMSE, unité associée à l'IRD, proposent une approche des pandémies mondiales consistant à mesurer et à surveiller l'accélération / décélération des cas confirmés et décès par rapport aux réponses des politiques de santé. 

Chercher des pistes de vaccination et de traitement

L’équipe de l'IHU Méditerranée infection (sous tutelle IRD) travaille sur l’efficacité de l’emploi de l’hydroxychloroquine dans le traitement du Covid-19. Les premiers résultats, prometteurs, montrent une nette diminution de la charge virale de certains des patients traités.
Le programme DiaTropix, auquel l’IRD, qui en est un membre fondateur, apporte un financement, travaille actuellement au développement d’un test rapide de diagnostic au Sénégal.
L’unité TransVIHMI, en RDC, s’organise pour évaluer le traitement par un anti-rétroviral utilisé contre le VIH.

Appuyer la décision politique et favoriser la diffusion des connaissances auprès du public

Laëtitia Atlani-Duault, anthropologue et directrice de recherche à l'IRD, est membre du conseil scientifique pour éclairer la décision publique dans la gestion de la situation sanitaire liée au coronavirus créé à la demande du président de la République auprès du ministre des Solidarités et de la Santé. Elle a également été nommée au sein du CARE - Comité analyse recherche et expertise par la Présidence. 
La chercheuse Alice Desclaux (TransVIHMI) contribue au groupe de travail Blueprint de l'OMS sur les priorités de recherche mondiales. 
Dès le mois  de janvier, les chercheurs de l’IRD, dans leurs expertises respectives, ont répondu largement présents (plus de 150 articles) aux sollicitations des médias généralistes et spécialisés, en apportant éclairages et mises en perspectives dans les interviews accordées, par exemple sur la zoonose qui serait à l’origine de la pandémie; et globalement les aspects éco-épidémiologiques (liens avec les modifications de l’environnement, la perte de biodiversité). Les chercheurs de l'IRD s'exprimeront également dans The Conversation et le Mag' de l'IRD.