Ecole thématique CYTOEXPERT2022

Le MIO a organisé à la Station marine d'Endoume l'Ecole thématique CNRS "CYTOEXPERT 2022"

Grâce au soutien du CNRS, de l'IR ILICO, de lRP "DYF2M" (CNRS) et de la plateforme PRECYM du MIO, le MIO a pu organiser du 4 au 7 octobre à la Station marine d'Endoume une école thématique dont l’objectif était d’impulser une action communautaire pour maitriser et diffuser les bonnes pratiques en matière de cytométrie en flux. Ces bonnes pratiques sont indispensables pour réaliser des analyses de qualité des assemblages microbiens planctoniques aquatiques et garantir des données robustes et bancarisables qui pourront être partagées et diffusées à l’échelle nationale et internationale. Afin que ces données jouent leur rôle de levier pour la science et l’innovation, il est impératif qu’elles soient fiables, facilement accessibles et réutilisables selon les principes FAIR. Il est également indispensable que ces données soient qualifiées et pour cela répondent aux protocoles d’analyse standardisés reconnus par la communauté. L’école thématique a eu pour objectifs de présenter à ses participants :

Le vocabulaire de cytométrie (variables mesurées, groupes décrits, caractéristiques des instruments, des mesures effectuées…) tel que défini par les experts du domaine,
Les bonnes pratiques indispensables à la production de données de qualité,
La chaîne de traitement des données de cytométrie, depuis le cytomètre jusqu’à la bancarisation des données.

L’école a enseigné à 20 personnes (chercheurs, ITAs, post-docs et doctorants) venues de toute la France, de tout niveau en cytométrie, du domaine marin ou d'eau douce, au moyen de cours théoriques et d’ateliers pratiques sur différents modèles de cytomètres, les protocoles de préparation et d'analyse des échantillons les plus à jour issus de la veille technologique réalisée par ses intervenants experts dans le domaine. Grâce à des échanges d’informations avec la communauté les 7 instructeurs de l'Observatoire Océanographique de Banyuls (OOB), du Laboratoire de Géochimie (LOG) de Wimereux et du MIO ont pu présenter et discuter des verrous ainsi que les outils susceptibles d’améliorer la procédure de génération, de traitement et de visualisation des données de cytométrie, ainsi que leur archivage sur des bases de données interopérables.