Emma Jamon-Haon soutiendra sa thèse le mardi 16 décembre 2025 à 14h00 à l’Amphithéâtre OCEANOMED sur le sujet suivant : Hétérogénéité des microbiotes de mangroves : déterminants de leur biodiversité.
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ID de réunion: 917 5756 0872
Code secret: 158774
Membres du Jury
- Cristina Cravo-Laureau, Rapportrice, UPPA (IPREM), MCF
- Lionel Ranjard, Rapporteur, INRAE (Agroecologie), DR
- Cédric Hubas, Examinateur, MNHN (Borea), DR
- Anne Bousquet-Mélou, Présidente du jury, AMU (IMBE), DR
- Philippe Cuny, Directeur de thèse, AMU (MIO), PR
- Cécile Militon, Co-directrice de thèse, AMU (MIO), MCF
Résumé
Les mangroves sont des forêts tropicales se développant à l’interface entre la terre et la mer. Cette thèse, basée sur des jeux de données de métabarcoding 16S et de profilages géochimiques de sédiments de mangroves principalement françaises, a eu pour objectifs principaux : (i) de mieux caractériser la diversité pantropicale des microbiotes sédimentaires de mangroves, (ii) d’identifier les grands processus écologiques structurant leur assemblage et (iii) d’explorer leur dynamique saisonnière dans une région encore peu étudiée. Les résultats ont montré que les procaryotes des sédiments de mangroves appartiennent majoritairement aux Proteobacteria, Chloroflexi, Desulfobacterota, Bacteroidota, Planctomycetota, Acidobacteriota, Actinobacteriota, Firmicutes, Crenarchaeota et Thermoplasmatota. Le core microbiote n’est représenté seulement que par 1,6 à 4 % des séquences totales, montrant l’importance et la diversité des procaryotes transitoires dans les mangroves. Leur diversité globale présente une asymétrie, avec un potentiel hotspot de diversité microbienne dans l’Indo-Ouest Pacifique (facteur 1,5) – notamment dans les bio-régions d’Indo-Malaisie et d’Afrique de l’Est. Cette diversité, lorsqu’elle est associée à des mangroves côtières, présente un gradient latitudinal, et est en partie contrôlée par des barrières globales à la dispersion. La dispersion a également un effet important sur la distribution des communautés à l’échelle insulaire (Guadeloupe, Martinique et Mayotte). Les microbiotes sédimentaires de mangrove présentent de fortes hétérogénéités compositionnelles locales, liées au contexte biogéochimique, morphologique et anthropique inhérent à chaque mangrove. Dans le cas modèle de l’estuaire de Cayenne en Guyane, la structure, la composition et la biomasse moléculaire microbienne répondent de manière contrastée à des situations hydrologiques saisonnières extrêmes, reflétant l’impact potentiel des changements climatiques sur ces communautés. Ces travaux apportent des connaissances inédites sur les communautés microbiennes des mangroves françaises en les replaçant dans un contexte mondial, et contribuent plus largement à la compréhension de l’écologie microbienne des écosystèmes de mangroves.
