Félicitations à Emily Chase (MEB) qui a soutenu sa thèse le mercredi 15 Décembre 2021

Sur le sujet suivant : "PHYCOVIR : diversité et impact des virus sur la culture intensive de microalgues en milieu ouvert"
 
Directeur de thèse : Guillaume Blanc, Directeur de Recherche
Co-directeur : Christelle Desnues, Directeur de recherche

Résumé :

Afin de mieux comprendre la diversité et le rôle des virus du phytoplancton, ce travail de thèse a été consacrée à l'étude d'un système de culture de microalgues à l'échelle industrielle, appelé lagune de culture intensifiée (HRAP pour “high rate algal pond” en anglais), situé à Palavas-les-Flots, France. L'objectif de l'étude était d'examiner les accidents de culture (c'est-à-dire les épisodes de mortalité massive des microalgues) survenant dans le HRAP, dont la cause est inconnue. Nous avons émis l'hypothèse que des virus de microalgues pourraient coexister avec les microalgues dans le HRAP, et par conséquent affecter la culture - au point de causer ou de contribuer à la mort des microalgues. Cette étude représente la première tentative d'exploration de la diversité virale dans un HRAP, en même temps que la collecte de données des hôtes potentiels grâce au métabarcodage 18S. L'étude cible l’ensemble des compartiments viraux à travers le séquençage des viromes d'ARN et d'ADN, ainsi que les populations potentielles de virus géants (Nucleocytoviricota). L’analyse bioinformatique des séquences a permis d’identifier des virus présents dans le HRAP, et la dynamique de leurs populations a été suivie par la méthode (RT)-qPCR sur une série d'échantillons d'eau prélevés sur deux ans de culture. Les viromes ont été utilisés pour identifier les virus putatifs des microalgues, en d'autres termes, des agents infectieux potentiels qui peuvent influencer la culture du HRAP et contribuer ou causer directement la mort des microalgues. Il s'agit d'acteurs clés tels que la famille Marnaviridae (Ordre des Picornavirales ; virus à ARN), les NCDLV de la famille Phycodnaviridae et de la famille Mimiviridae, un membre de la famille Lavidaviridae (c'est-à-dire un virophage), et les « polinton-like viruses » (PLVs), tous ayant des associations connues avec les microalgues. Une exploration approfondie de ces acteurs clés, les nouveaux virus putatifs du HRAP, est réalisée et des inférences sur les hôtes sont faites en utilisant les données du métabarcodage 18S, couplées aux données dynamiques de notre approche (RT)-qPCR. Les résultats sont un regard complet sur les virus du HRAP, en particulier les virus putatifs des microalgues, dans le contexte d'une culture à l'échelle industrielle et de sa maintenance. Le dernier chapitre de la thèse décrit une étude bioinfomatique des séquences génomiques d’algues vertes unicellulaires du genre Tetraselmis qui a permis d’identifier et de caractériser des formes virales intégrées (i.e., ADN viral inséré dans les chromosomes de l’algue) apparentées au virus Tsv-N1, aux PLVs mis en évidence dans le HRAP, aisni qu’au virus géant TetV-1. Cette analyse étend nos connaissances sur la diversité des virus des Tetraselmis et la complexité des interactions biologiques et évolutives entre ces partenaires