Félicitations à Marc Garel (MEB) qui a soutenu sa thèse le 24 septembre 2021

C'est devant un amphithéâtre bien garni que Marc a brillamment présenté sa thèse sur le sujet suivant :

Méthodes, procédures et techniques hyperbares pour l’étude des microorganismes du milieu profond en condition in situ

Directeur de thèse : Christian Tamburini, Directeur de Recherche CNRS

Résumé

L'océan est en grande partie profond, la majorité de son volume (> 80 %) se situant à une profondeur supérieure à 1000 m, et est peu échantillonné (< 0,01 %). Il est caractérisé par une pression hydrostatique élevée, une température basse, des nutriments inorganiques élevés et de faibles concentrations de carbone organique. L'apport de substrats est principalement fourni sous forme de matière organique (sous forme particulaire et/ou dissoute) par des processus physiques et biologiques. Le carbone organique dissous (COD) biodisponible est principalement consommé dans les eaux de surface par les procaryotes, tandis que la plupart du COD dans les profondeurs de l'océan est récalcitrant, plus difficile à dégrader. La plupart des mesures d’activités métaboliques et de diversité des procaryotes bathypélagiques sont généralement sous-estimées en raison des limitations technologiques pour récupérer les échantillons et les maintenir dans des conditions environnementales in situ (pression hydrostatique élevée, température, etc.). Pour étudier les procaryotes dans les conditions in situ, nous disposons d'une technologie hyperbare non seulement pour être utilisé comme échantillonneur pressurisé prêt à l'emploi, qui peut être adapté pour être utilisé sur un carrousel d'échantillonnage CTD et capable de collecter, transférer et incuber des échantillons dans des conditions in situ (pression hydrostatique et température élevées), mais également l'augmentation de la pression hydrostatique long de la colonne d'eau.  Les résultats mettent en lumière qu’en maintenant les conditions pression, il est possible d’échantillonner des microorganismes piezophile représentatif du milieu profond. Ces résultats ont été confirmés notre expérimentation sur la dégradation de matière organique dissoute de haut poids moléculaire par une communauté adaptée au milieu profond. Enfin, nous avons également montré l’importance des conditions environnementales pour étudier le devenir de la matière organique dans la colonne d’eau.

Mots clés : océan profond, haute pression, procaryotes, diversité, activité microbienne, échantillonnage in situ