Exploration du monde marin microbien

Acteurs majeurs du fonctionnement des océans, les microorganismes marins restent encore largement méconnus. L’identification de nouvelles espèces de bactéries, archées, virus ou eucaryotes unicellulaires, la description des assemblages microbiens et de leur dynamique dans des conditions environnementales données constituent une base importante de l’écologie microbienne marine. L’équipe MEB participe à cet effort de description dans une grande diversité d’environnements côtiers et hauturiers, pélagiques et benthiques, dans des conditions de vie extrêmes ou ordinaires, sous différentes lattitudes. L’isolement et la mise en culture de procaryotes, expertises historiques de l’équipe, seront poursuivis afin de rechercher de nouvelles espèces et d’explorer leurs métabolismes. Ces isolements seront notamment assurés pour explorer les adaptations permettant la vie dans des environnements thermoalcalins côtiers et dans l’environnement marin profond sous haute pression (colonne d’eau, sources hydrothermales et tapis microbiens).

Ils seront également associés à la recherche d’activités particulières telles que la bioluminescence ou la production de phycotoxines. Au-delà de la description d’espèces, la structure des assemblages de procaryotes sera également documentée dans les mêmes environnements marins, mais également dans un certain nombre d’environnement côtiers plus ordinaires et plus faciles d’accès (ports, plages, vasières, mangroves, …), permettant d’évaluer finement la variabilité spatio-temporelle de ces assemblages.

Jusque là marginale, la description des microeucaryotes et des virus sera développée afin de poser les bases nécessaires à l’étude des interactions au sein de cette large communauté. L’étude des interactions entre espèces bactériennes sera particulièrement développée par des co-cultures en système simplifié et contrôlé, de même que l’étude des interactions (et processus de co-évolution) entre hôte et microbiote, via des approches originales de micro-diversité. L’élucidation des hôtes de virus sera également abordée par l’exploration de données de séquençage massif en parallèle d’un développement méthodologique permettant l’isolement de couples virus-hôte.