Sur le sujet : Structure, diversité et interactions du microbiote associé à la culture d’Ulva lacinulata : vers une compréhension multi-règnes de l’holobionte ulve.
Résumé
Les ulves sont des macroalgues vertes connues pour leurs efflorescences massives («marées vertes ») en milieu littoral souvent liées à l’eutrophisation d’origine anthropique. Elles entraînent des impacts environnementaux et socio-économiques majeurs. Parallèlement, l’ulve suscite un intérêt croissant en aquaculture en raison de sa culture aisée et de ses perspectives de valorisation. L’ulve forme un holobionte où la communauté microbienne associée influence fortement sa physiologie. Si le rôle des bactéries associées à l’ulve est étudié depuis une quarantaine d’années, la composante globale de l’holobionte, incluant eucaryotes et virus, demeure encore peu explorée. Dans ce contexte, mon travail s’appuie sur un système expérimental de culture à haut rendement algal, utilisé pour de la production de biomasse d’ulve. Deux régimes de culture contrastés ont été comparés : un apport continu d’eau de mer naturelle et un apport d’eau de mer enrichie en nitrate ou urée et phosphate en mode batch. Nous avons caractérisé trois composantes du microbiote associé à Ulva lacinulata : (i) les communautés bactériennes, (ii) les eucaryotes, toutes deux analysées dans le biofilm de surface de l’ulve et dans l’eau de culture, et (iii) la fraction virale à ADN double brin, étudiée uniquement dans l’eau environnante. L’enrichissement des cultures a un effet de remodelage des communautés bactériennes, avec l’émergence de taxons opportunistes impliqués dans le métabolisme de l’azote. Un core microbiote bactérien persiste dans les deux conditions, suggérant son rôle central au sein de l’holobionte. L’eau de culture contient une large diversité de virus à ADN eucaryotes (~750 entités), pour la plupart inconnus ou peu décrits dans le milieu marin et chez l’ulve. La diversité des eucaryotes est peu affectée par l’enrichissement en nutriments et des liens potentiels entre certains virus et leurs hôtes eucaryotes sont identifiés par des analyses de cooccurrence. Cette étude propose une vision multi-règnes de l’holobionte Ulva lacinulata et ouvre la voie à une compréhension plus fine de sa dynamique dans un contexte d’efflorescence environnementale suite à un évènement d’eutrophisation.
Mots clés
Ulva lacinulata, Holobionte, Virus, Bactéries, Eucaryotes, Efflorescences massives
Composition du jury
- Lucie ZINGER Rapporteuse MCF, Sorbonne, CRBE
- Phillipe ROUMAGNAC Rapporteur DR, Cirad
- Christophe LEBOULANGER Examinateur CR, MARBEC
- Valérie MICHOTEY Présidente du jury PR, MIO
- Angélique GOBET Co-directrice de thèse CR, MARBEC
- Guillaume BLANC Co-directeur de thèse DR, MIO
